西藏的东南部山地从东喜马拉雅延伸到横断山脉，目前还保留着中国最为完好的大片森林，植被从热带亚热带森林到高山草甸和冰川一应具有。往西和往北，地形逐渐升高变缓，气候变干变冷，平均海拔多在4000米以上，分布着大面积的高寒草甸和半干旱草原植被。大陆的抬升还形成了西藏众多的高原湖泊，是我国湖泊分布最多的地区。

森林

　　虽然在青藏线的大部分地区甚至看不到一棵树，然而藏东南雅鲁藏布江流域(林芝、昌都一带)的森林是中国保存最完整的，中国唯一的孟加拉虎种群就分布在这里。藏东南与四川西部、云南西北部共同被称为“中国西南山地生物多样性热点地区”，是世界上动植物最为丰富的温带森林。长江、澜沧江(湄公河)、怒江(萨尔温江)、独龙江(伊洛瓦底江)和雅鲁藏布江都流经这里，滋养了下游亚洲国家几十亿的人口。

草场

　　青藏线沿路主要是高原草场的景观。草场是水源涵养地、野生动植物的家园，也为当地牧民提供了生计的基本保证。目前青藏高原草场面临着退化的危险，这与气候变化、降水量减少和放牧方式的改变有关系。草场退化导致水土流失面积增加、沙化、野生动物和家畜矛盾加剧等现象，正在得到越来越多的关注。